تأسس قسم الدراسات العليا في أغسطس 2003م للاضطلاع بمهمة الإشراف على أنشطة الدراسات العليا وتنفيذ سياسة المعهد العالي للدراسات المصرفية فيما يتعلق بالدراساتالعليا.فى العام 2006م تم تغيير اسم المعهد العالى للدراسات المصرفية الى أكاديمية السودان للعلوم المصرفية والمالية والتى اصبحت تقدم تلك البرامج باسم الاكاديمية .وشهد العام 2014 توسيع آفاق ادارة الدراسات العليا وتخريج اختصاصيين على مستوى عال من التأهيل،والقادرين على المساهمة بصورة فعالة في تطوير وتنمية المجتمع بتقديم برامج متميزة وفق المعايير المعترف بها دوليا وبما يتماشىمع النمو المضطرد لمختلف مجالات المعرفة وذلك، تلبيةً لحاجات القطاع المصرفى .
وتتلخص أهداف ادارة الدراسات العليا فيما يلي :
تحديد حاجات المجتمع من برامج الدراسات العليا وقدرة الاكاديمية على طرحها،وإنشاء وتطوير برامج الدراسات العليا لتلبية القطاع المصرفى والمالى،والمحافظة علىجودة الدراسات العليا في الاكاديمية وإيجاد مناخ صحي للتفاعل الثقافيوالأكاديمي،والاجتذاب والمحافظة على طلبة الدراسات العليا المتميزين،وتوفير فرص عمل للتعليم الذاتي المستمر للأفراد والجماعات،والاجتذاب والمحافظة على الموظفين المتميزين والعمل على الارتقاء بأدائهم،وتطوير القدرات الإدارية والفنية في الجهاز المصرفى السودانى،وتحقيق الاكتفاء الذاتي في المواردوالتسهيلات،
وأصبحت الاكاديمية تقدم البرامج التالية :
1.دبلوم /ماجستير العلوم فى الدراسات المصرفية.
2. دبلوم /ماجستير العلوم فى المحاسبة والتمويل.
3.دبلوم /ماجستير العلوم فى نظم المعلومات المصرفية والمالية .
4. دبلوم /ماجستير ادارة الاعمال MBAتخصص التمويل الاصغر.
5. دبلوم /ماجستير ادارة الاعمال MBAتخصص إدارة المؤسسات المصرفية و المالية.
4. دبلوم /ماجستير ادارة الاعمال MBAتخصص تسويق الخدمات المصرفية والمالية.
برامج الماجستير بالبحث:
- ماجستير العلومفى الدراسات المصرفية.
- ماجستير العلوم فىالمحاسبة والتمويل.
- ماجستير العلوم فى نظم المعلومات المصرفية والمالية.
برامج درجة الدكتوراه بالبحث:
- الدراسات المصرفية.
- المحاسبة والتمويل.
- نظم المعلومات المصرفية والمالية.